钱德拉博士——厄巴纳市伊利诺伊大学的计算机科学教授——也有一种挥之不去的罪恶感，但与弗洛伊德的罪恶感非常不一样。一些学生及同事常常怀疑，这位瘦小的科学家是否还有一丝人性。当他们听说钱德拉对那些遇难的航天员无动于衷时，一点也不觉得惊讶。唯一让钱德拉伤心欲绝的是他失踪的“儿子”，哈尔9000。

多年来，他不眠不休地检查发现号传回来的数据，还是找不出究竟是哪里出了问题。他只能用一大堆理论来解释，而他所想知道的事实都尘封在哈尔的电路里(目前哈尔还在木星与艾奥之间的某处飘**)。

直到出事的那一瞬间，宇宙飞船遭遇的一连串事故都已经很清楚地被证实。之后，指挥官鲍曼还与地球恢复短暂的通话，对当时的情况做了一些细节上的补充。不过，知道发生了什么事并不足以解释为什么出事。

事故发生的第一个征兆出现在任务的后期，当时哈尔曾经发出警讯，说控制发现号主天线的组件逐渐失效，恐怕马上无法将天线对准地球的方向。假如这束五亿公里长的电波失去准头，宇宙飞船将变得又盲又聋又哑。

鲍曼曾经亲自爬出太空舱，取回被怀疑有问题的组件，但令人惊讶的是，测试结果发现它完全没有问题。自动测试电路根本找不出它有什么不对劲。信息传回厄巴纳市之后，哈尔的孪生妹妹莎尔9000也查不出个所以然来。

但是哈尔坚持他的诊断无误，结论指向“人为错误”。他建议将该控制组件装回去，等它坏了，到时候就可以确切知道故障发生的位置。没有人表示反对，因为即使它最后坏了，换一套新的只需几分钟就行了。

然而，鲍曼和普尔开始担心，他们觉得事情有点不对劲，但都不知道哪里不对劲。几个月以来，他俩已将哈尔视为狭小太空舱内的第三个成员，对他的脾气摸得一清二楚。然而，舱里的气氛却出现微妙的转变，空气中弥漫着一丝紧张的感觉。

占舱内人数三分之二的人类成员曾私底下讨论过，假如那个非人类成员真的有点故障的话应该怎么办。忧心忡忡的鲍曼事后也曾向任务控制中心提出报告——但感觉上好像在告密。在最坏的情况下，他们打算解除哈尔的高阶任务，甚至包括断电——对一部计算机而言，断电相当于处死。

忧心归忧心，该做的事还是得做。普尔驾着一艘小型的分离舱出去，在宇宙飞船外出任务时，分离舱是个交通工具兼活动的工作室。由于拆换天线组件比较需要技巧，无法靠分离舱本身的机械手臂，普尔决定自己来。

令人百思不解的是，接下来发生的事情监视录像机居然没有拍到。鲍曼听到普尔一声惨叫——然后一片沉寂——才知道出事了。接着，他看到普尔一边不断翻滚，一边往太空中飘去；他的分离舱先撞到他，然后失控爆炸。

鲍曼事后坦承，当时他犯了一些严重的错误——其中只有一个错误可以原谅。在一心想救援普尔的情况下——如果他还活着的话，鲍曼立即驾着另一艘分离舱出去，而将哈尔留在宇宙飞船里掌控一切。

这次宇宙飞船外的救援行动结果是白忙一场；当鲍曼赶到时，普尔已经死了。失望之余，他把尸体拖回宇宙飞船——不料哈尔拒绝开门。

不过哈尔低估了人类的智力和毅力。虽然鲍曼的航天服头盔留在飞船里没带出来，但他仍然冒着直接暴露在外层空间的危险，拼命找到一个不受计算机控制的逃生舱口进入。进入后第一件事就是找哈尔开刀，将他的“脑部组件”一一拔除。

鲍曼重新掌控飞船之后，发现一件骇人听闻的事。在他离船的那段时间里，哈尔把三位正在低温睡眠中的航天员的维生系统关掉了。当时鲍曼孤立无援的状况是人类有史以来所仅见的。